グループ情報のCSVファイルをアップロードしたら、別グループができてしまいました。

グループコードが「0」から始まってるものはありませんか？
CSVファイルをExcelで編集されると「0」が消えたまま保存されてしまうことがあり、そのCSVファイルをアップロードされると先頭の「0」が消えたグループコードが登録されてしまいます。
CSVファイルの取り扱いは正規のCSVエディタを利用されることをおすすめします。
グループコードは数字ではなく文字として扱われ、「0」の有無だけでも別グループの扱いとなりますので、ご注意ください。